Auch die Zwölf Stämme Israels bildeten laut der Bibel in vorstaatlicher Zeit – ob als Amphiktyonie, ist umstritten – von ca. 1250 v. Chr. bis zum Königtum ab Saul rund 1050 v. Chr. nach dem Tanach eine, von Gott gelenkte, und besonders im Verteidigungskrieg einheitliche auftretende Größe. Kennzeichnend für die israelitische Theokratie der Richterzeit war das Fehlen von ständigen Verwaltungsorganen und das geringe Maß an Organisation sowie die Zuweisung von Eigenverantwortung an die Bürger, die insbesondere an der Verbundenheit zu Gott gemessen wurde. Die in dieser Zeit häufigen Einfälle von Nachbarstämmen wurden genau wie die Einsetzung von Richtern als regulierende Maßnahmen Gottes angesehen, die abhängig von dem allgemeinen Grad an Verbundenheit zu Gott ergriffen wurden. Da aber fast alle biblischen Passagen über diese Zeit erst viel später geschrieben und zudem stark religiös ausgedeutet wurden, gilt dies unter vielen Forschern eher als unhistorisch.

Theokratisch war auch die Regierungspraxis der antiken römischen Kaiser. Nach dem Vorbild Alexanders des Großen, und in Anlehnung an die Herrscherkulte im hellenistisch geprägten Osten des Reiches, ließen sie sich selbst als Götter verehren. Der römische Kaiserkult hatte eine wichtige staatstragende Funktion. Die Huldigung des vergöttlichten Kaisers war gleichzeitig ein Bekenntnis zu den Prinzipien des römischen Reiches. Abgesehen vom öffentlichen Kaiserkult (sacra publica) galt Religion jedoch als Privatangelegenheit (sacra privata). Der polytheistische Götterhimmel der Römer bot Raum für religiöse Vielfalt und Toleranz.

Juden und Christen zogen gleichwohl Zorn auf sich, wenn sie sich beharrlich weigerten, den Kaiser als Gott anzuerkennen und damit aus Sicht der Römer auch die religiös legitimierte Staatsordnung ablehnten. Insbesondere Christen wurden daher als politische Gefahr angesehen und teilweise verfolgt.

Kaiser Konstantin I. leitete eine religiöse Wende ein. Er ließ die Christenverfolgungen unterbinden, erließ ein Toleranzedikt für die christliche Religion und förderte die Etablierung einer christlich-einheitlichen Kirche, mitsamt der Verfolgung von Häretikern, auch wenn bis heute strittig ist, ob bzw. wann er selbst sich taufen ließ. Kaiser Theodosius I. erhob später das Christentum zur Staatsreligion des römischen Reiches und verbot damit auch alle anderen Kulte mit Ausnahme des Judentums. Die einst verfolgte Kirche wurde nun mit weitreichenden politischen Privilegien ausgestattet, welche die umfassende Ausbreitung des Christentums ermöglichten. Im Oströmischen Reich lebte der Kaiserkult jedoch in abgewandelter Form fort, indem der Kaiser sich nun als christlicher Priesterkönig (rex sacerdos) und sogar als Stellvertreter Christi auf Erden verstand, was einer der Faktoren in den zunehmenden Konflikten mit dem seinerseits immer monarchistischer eingestellten Papsttum war, das sich seit dem 6. Jahrhundert machtpolitisch etablierte. Dieses erlebte seinen Macht-Höhepunkt bereits unter dem nach Universalherrschaft strebenden Innozenz III. (1198–1216).^[1]

Auch die westlichen Kaiser seit Karl dem Großen verstanden sich – mancher mehr, mancher weniger – als theokratisch. Das zeigte sich vor allem in der Praxis, Reichsbischöfe und -äbte ein- und abzusetzen (Investitur). Die Trennung zwischen geistlicher und lehnsrechtlicher Autorität bestand noch nicht im heute bekannten Maße, der Kaiser war sowohl oberster weltlicher als auch geistlicher Herrscher, zumal solange der Einfluss des Papsttums weltkirchlich noch überschaubar blieb. Referenz dieses Verständnisses war die Salbung, die die Gottgebundenheit des Herrschers darstellte. In der Zeitgenössischen Panegyrik wurden immer wieder Vergleiche zu biblischen Königen wie Salomo und David gezogen. Als der Perfektion der theokratischen Praxis wird das sogenannte ottonisch-salische Reichskirchensystem gesehen, dass unter Heinrich III. seinen Höhepunkt erreichte, der sogar Einfluss auf die Besetzung des Heiligen Stuhls nahm. Die von ihm unterstützte kirchliche Reformbewegung bekämpfte allerdings im Investiturstreit mit Heinrich IV. diese Praxis und schuf mit der (kirchen-)rechtlichen Trennung von Spiritualien und Temporalien, ein Konstrukt, das den Kaiser nur auf die weltliche Autorität der Lehnsvergabe reduzierte. Nach dem Ende des Investiturstreites setzten sich allerdings die kaiserliche Investitur wie auch die Konflikte mit dem Papsttum noch lange fort.^[2]

Zu einer Fehldeutung kann der Titel der Schrift De civitate Dei (wörtlich: „Von der Bürgergemeinschaft Gottes“) des Kirchenvaters Augustinus verleiten, welche oft unzutreffend mit dem Begriff „Gottesstaat“ übersetzt wird. Dieser epochemachende Text behandelt jedoch keine theokratische Verschmelzung von Religion und Politik, sondern stellt vielmehr die unsichtbare, aber umfassende Herrschaft Gottes über die gesamte Weltgeschichte heraus. Augustinus unterscheidet dabei grundsätzlich zwischen der „Gemeinschaft Gottes“ (civitas dei) und der rein „irdisch-orientierten Gemeinschaft“ (civitas terrena). Damit liefert Augustinus bereits die theoretische Grundlage für die spätere Zweiteilung von geistlicher und weltlicher Macht, die im christlichen Mittelalter durch die gleichsam rivalisierende Verbindung zwischen Papst und Kaiser – in den modernen politischen Systemen seit der Aufklärung als organisatorische Trennung von Kirche und Staat zum Ausdruck kommt.

Als Theokratie könnte man auch das so genannte heilige Experiment in Pennsylvania von 1681 bis 1756 bezeichnen. Es war der erste und einzige Quäkerstaat. Mehr dazu im Artikel Quäker und William Penn.